2020年12月16日，日本科學會議召開臨時理事會會議，並就其組織改革提案編寫了中期報告。董事會會議結束後，梶田貴明會長在科學技術大臣辦公室拜會了井上信司，並向他遞交了改革計劃的中期報告。
日本科學會議表示，改革計劃中期報告包括提案、擴大秘書處職能以加強公共關係活動，以及公開信息以提高會員選拔過程的透明度。對於是否會成為一個獨立於國家的機構這一點，需要繼續考慮是否符合國家科學院的要求，不做明確表態。
國家學院的要求是：
・國家學術代表性機構的地位
・公共資格的授予
・通過國家財政支出確保穩定的財政資源
・活動獨立性
・確保成員選擇的自主權
- 列出了 5 項。即使成為特殊法人等非國家機構，是否五項都適用也將成為判斷標準。
政府曾要求政府在年底前提交自己的改革計劃，但決定這將是一份中期報告，因為很難及時討論所有問題。日本科學會議將繼續進行討論。
自日本首相菅義偉拒絕任命六名委員候選人後，日本科學會議的性質開始引發爭論。尤其是自民黨內部，有呼籲改革的聲音，認為科學會的活動很大程度上不符合政府政策。
