日本首相菅義偉拒絕任命6名日本科學會議新成員，日本地球科學聯盟、日本歷史學會等95個國內學術團體在沒有政府給出任何理由的情況下未被任命。 。
據日本地球科學聯盟介紹，日本數學會、日本物理學會、生物科學聯盟等主要科學和工程學會都參與了聲明。我們對目前任命被拒絕的情況感到關切，呼籲政府與日本科學會議通過對話早日解決。
菅義偉首相沒有明確解釋拒絕任命的原因，他說：“我希望他能夠從全面、鳥瞰的角度和廣闊的視野來開展活動。”不過，他9日解釋稱，自己沒有看到105人推薦名單。
有人指出，日本科學會議拒絕任命他是因為對日本科學會議拒絕進行軍事研究的不滿，但自民黨在參議院內閣委員會的閉會期間審查中辯稱，日本科學會議的運作是封閉的，需要改革。
對此，國內學術團體和大學紛紛發出反對聲音，稱這將損害學術自由。日本科學會議前委員長大西隆在與日本立憲民主黨等在野黨的聯合聽證會上透露，即使在安倍執政期間，首相官邸也表示不贊成人事提案。
關於日本科學會議新委員的任命，時任首相中曾根康弘在1983年向國會表示，“政府所做的只是正式任命”。內閣府發佈內部文件稱，首相沒有義務遵循日本科學會議的建議，內閣法制局也表示這並非法律解釋的改變。
