東京理科大學正計劃重組院系，為2031年建校150週年做準備。2020年至2025年，經營學部將新設國際設計管理系，工學部將設立決定將理工學部更名為總研理工學部。
據東京理科大學介紹，2020年計劃在工學院建築系開設新的針對在職成人的夜間課程，並已向日本文部科學省申請批准。
2021年，工學部更名為高等工學部，在東京都葛飾區葛飾校區實行四年制綜合教育，並更名。同時，工商管理學院將新設國際設計管理系。國際設計經營學系一年級在北海道長萬部町的長萬部校區學習，二年級則轉學到東京新宿區的神樂坂校區。
2022年，工學院工業化學係將從神樂坂校區遷至葛飾校區，並在理工學院開設面向留學生的新國際課程。第一年的國際學生在長萬部校區學習，二年級的學生則搬到千葉縣野田市的野田校區。
2023年，理學院一部應用物理系停止招生，高等工學部新設物理與功能設計工程系。理工學院更名為理工學院，數學系更名為數學科學系。 2025年，藥學部將從野田校區遷至葛飾校區。
