九州大學作為文部科學大臣指定的指定國立大學法人，重新申請了以世界最高水平的教育和研究為目標的國立大學法人。迄今為止，已指定東京大學等9所學校，文部科學大臣萩田光一將指定數量暫時定為10所左右。
據文部科學省稱，目前已指定九家企業：東京大學、京都大學、東北大學、大阪大學、名古屋大學、筑波大學、一橋大學、東京工業大學和東京醫科齒科大學。
隨著全球化進程的推進，指定的國立大學法人需要與世界一流大學競爭，申請要求是2013-2017年度科學研究補助金中新通過項目的累計數量在日本第10位以內有兩個或兩個以上領域等嚴格條件，2-2015年每位教員的論文前2019%在日本前1名之內。
九州大學於 2020 年與筑波大學和東京醫科齒科大學一起申請，但指定被推遲，其他兩家公司獲得指定。審查將由國立大學法人評價委員會指定的國立大學法人小組委員會開始，預計秋季將得出是否指定的結論。
