校內外紛紛質疑東京大學下一任校長的選拔程序存在問題。儘管由外部律師組成的核查委員會指出了一些問題，但選拔程序是正確的，是合理的。預計會重做。我們編寫了一份報告，結論是沒有必要
東京大學稱，核查委員會由前最高法院法官和泉德二擔任主席，由前檢察長樋渡俊明等五名律師組成。 結論是從5月中旬開始審查東京大學提交的資料並採訪相關人士後得出的。社長選拔會議選定下一任社長藤井輝夫後，會議錄音被刪除，但請專家恢復。
核查委員會認定，評選結果「有效成立，不存在任何問題」。然而，在目前1名候選人縮小範圍後，內部投票中排名靠前的候選人被剔除，與小宮山宏校長（前校長）相同的兩名工學部人士成為了三名第二候選人。候選人的列入以及小宮山會長關於特定候選人「收到匿名指控」的聲明，雖然沒有說足以使選舉無效，但確實提出了一些質疑。
後上誠校長表示：「我對校長選拔會議管理上出現的混亂深感遺憾，這對東京大學的社會信任產生了負面影響。」也就他的任期長度提出了建議他在自己的網站上表示：“我們希望在剩餘任期內改進需要改進的領域。”
