據全球信息服務公司湯森路透（美國紐約）報告顯示，東京大學是自然科學領域論文被引用次數最多的國內研究機構。 第二名是京都大學，第三名是國立理化研究所。日本整體在世界各國中排名第2位，
它在流行病學、材料科學和物理學領域有著強大的影響力。

　該調查按研究機構確定了被引次數位於前1%的論文數量並進行了比較。據此，東京大學在相當於整個自然科學的綜合領域中名列前茅，擁有1,303篇高被引論文。京都大學、理化學研究所、大阪大學和東北大學緊隨其後。前20名包括12所國立大學、2所私立大學、4所國家研究機構和2所大學間研究機構法人。

　在免疫學領域，大阪大學以64篇論文位居榜首。 東京大學排名第二，京都大學排名第三。在材料科學領域，國立材料科學研究所以 2 篇論文排名第一，其次是東北大學和東京大學。在科學方面，東京大學以 3 篇論文排名第一，其次是京都大學和大阪大學。
在物理學方面，東京大學的 352 篇論文位居榜首。京都大學排名第二，理化學研究所排名第三。在生物學和生物化學方面，東京大學以2篇論文排名第一，其次是京都大學，排名第二，理化學研究所排名第三。

　在植物學和動物學方面，RIKEN以157篇論文排名第一。東京大學和國立農業生物科學研究所緊隨其後。在分子生物學方面，RIKEN以1篇論文排名第一，其次是東京大學第二名和大阪大學第三名。

參考：【湯森路透】公佈基於高影響力論文數量分析的日本研究機構排名
http://ip-science.thomsonreuters.jp/press/release/2016/esi2016/