2021 年 4 月 8 日，日本科學委員會編制了組織審查報告草案，並得出結論認為，首相管轄權的現狀對於其作為“國家科學院”的職能來說是可取的。在菅義偉首相拒絕任命會員候選人後，該組織正在重新審查，最終決定將在與4月21日開始的總會協商後做出。
根據報告草案，日本科學委員會的組織是國家機構，但法律上的獨立性得到保障，並被賦予作為日本代表性學術機構的官方地位和權威，並採取國家預算措施。他認為目前的形式適合日本科學委員會的角色，因為它已經獲得了穩定的財政基礎。 “我認為沒有任何理由改變這一點，”他說。
在獨立於國家政府的情況下，將政府業務分離並使其獨立的獨立行政機構、社會福利法人、針對宗教團體的公益法人等被認為是不合適的。特別法成立的特別公司有考慮的餘地，但需要相當長的準備期，並且會出現新的立法和財務問題。
此外，還就加強對外信息傳播、改革會議內部決策程序、審查成員遴選程序、加強秘書處職能等問題提出了對策。
在首相菅義偉拒絕任命 2020 年成員候選人後，政府和自民黨敦促日本科學委員會考慮獨立於政府機構的形式。這份報告草稿有回答的意思，梶田隆明會長等人已經向科學技術大臣井上慎司進行了說明。
